苹果EST中微卫星分析

作者：张俊娥est微卫星ssr苹果

摘要：利用MISA（microsatellite）软件分析了简单重复序列（simple sequence repeats，SSRs）在苹果EST中的分布频率与密度。结果表明，在263820条EST序列中，共获得160686条SSR序列，SSRs之间的距离约为0．79kb。其中，六碱基重复丰度最大，占57．2％，而单碱基、三碱基、二碱基、四碱基和五碱基重复丰度分别为14．5％，13．1％，10．1％，4．1％和1．0％。在单碱基、二碱基、三碱基和四碱基重复模体中，丰度最大的分别是A／T，AG，AAG和AAAG，而CG在编码区内丰度很低。用CAP3软件进行冗余分析表明，在这六种类型的重复模体中，冗余与非冗余的苹果EST之间没有显著差异，表明可从现有的ESTs数据中方便地获取有效的苹果微卫星标记。

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