作者：宋志全; 马腾; 谢向东; 周平坤rna免疫共沉淀骨肉瘤细胞培养技术生物信息学
摘要：目的利用RNA免疫沉淀技术和深度测序方法寻找人骨肉瘤细胞U2OS中与DNA依赖蛋白激酶催化亚单位（DNA-PKcs）蛋白结合的RNA,进一步研究特定RNA的功能。方法提取对照组及8 Gy剂量照射组的U2OS细胞核蛋白,选择DNA-PKcs蛋白进行免疫沉淀,将复合体中RNA分离纯化并进行鉴定,行高通量测序分析。通过生物信息学分析得到与DNA-PKcs蛋白结合的所有RNA种类和染色体分布,KEGG和GO分析得到RNA的功能分类。最后选取特定RNA分子,利用qRT-PCR方法分别对U2OS细胞总RNA及RIP提取的RNA进行表达验证。结果U2OS细胞经8 Gy照射后DNA-PKcs蛋白结合的RNA与对照组相比,与细胞黏附相关的基因：整合素α3（integrinα3,ITGA3）、α5（ITGA5）和αV（ITGAV）,以及白细胞分化抗原分化簇44（cluster of differentiation44,CD44）和多配体聚糖4（syndecan 4,SDC4）均有更强的富集。结论成功获得了与U2OS细胞DNA-PKcs蛋白结合的RNA高通量测序库;通过测序寻找到了DNA-PKcs蛋白结合的特定RNA分子,为下一步研究其功能奠定了基础。
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