作者:白俊艳 赵淑娟 庞有志鹌鹑微卫星生物信息学方法
摘要:在已公布的鹌鹑核酸序列和EST序列总计635条序列的1~6核苷酸重复SSR的分布中,共发现120条SSR,检出率为18.9%。二核苷酸重复基元的SSR占40.0%,三核苷酸重复基元的SSR占35.8%,五核苷酸重复基元和四核苷酸重复基元的SSR分别占14.2%和10.0%,没有发现六核苷酸重复基元的SSR。组成这些SSR的主要基序有AT/TA、CA/GT、GA/CT、CAG/GTC、AGG/TCC、TAA/AAT、GGC/CGG、GAC/CTG、CGA/GCT、GCA/CGT、GAG/CTC、ACC/CCA、TcTT、1TTTrG、TCCA、ATGAT/ATCAT、TCCCT、TTCCC。SSR的重复次数都在5以上,由此可以推测利用鹌鹑核苷酸序列和EST序列中的SSR序列将有可能开发一批有价值的SSR分子标记供各种研究所用。
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