作者:陈飞 郝福珍统一计算设备架构rna二级结构预测并行算法最小自由能动态规划
摘要:为解决长链RNA二级结构预测面临的计算压力,分析了当前基于最小自由能预测RNA二级结构的相关串行、并行算法,提出了一种基于CUDA(compute unified device architecture)编程模型的并行加速算法。在实现时充分利用了支持CUDA编程模型的GpU(graphic processing unit)设备中的共享存储器、常量存储器等硬件,对RNA二级结构预测算法中的动态规划进行了有效的并行。实验结果表明,在支持CUDA编程模型的GPU上实现的并行程序,获得了与已有的串行、并行算法相同的准确度,同时运行速度更快。
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