作者:陈客宏 曾灵 顾玮 黄苏娜 刘庆 蒋建新tlr2单倍域标签snp单倍型
摘要:目的利用生物信息学技术挑选中国人群中的TLR2基因标签单核苷酸多态性(SNP)位点。方法利用NCBI数据库,确定TLR2基因研究范围,并利用Hapmap数据库下载中国人群的TLR2基因的SNPs数据;使用Haploview4.0软件对TLR2基因进行了连锁不平衡分析;通过对D值95%可信区间上下限的分析,在整个TLR2基因范围内构建单倍域(haplotype block);然后根据单倍域内SNPs之间的r2值和LOD值,挑选标签SNP;最后根据单倍域内的单倍型所占比例,挑选出标签SNP代表的单倍型。结果在中国人群中,TLR2全基因范围内共构建2个单倍域,挑选出3个标签SNPs(3013A/G、19216T/C、22215G/T)。同时,确定了单倍域内的标签SNPs分别代表的单倍型。结论中国人群的TLR2基因的3个SNPs位点(3013A/G、19216T/C、22215G/T)是最有代表性的标志性位点,可被选为标签SNPs,并指导中国人群TLR2基因与脓毒症关联研究。
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