甜荞热激转录因子基因家族的鉴定及生物信息学分析

作者：李洪有; 梁成刚; 杨丽娟; 蔡芳; 霍冬敖; ...甜荞热激转录因子生物信息学分析保守基序系统发育分析

摘要：利用Blastp比对程序对甜荞基因组数据库进行搜寻,共鉴定到23个甜荞HSF基因。基因结构分析显示,所有HSF基因都含有内含子,且大部分基因只含有1个内含子。蛋白序列多序列比对分析表明,23个HSF蛋白均含有氨基酸序列高度保守的DNA结合域（DNA–binding domain,DBD）和不保守的寡聚化结构域（oligomerization domain,OD）。蛋白保守基序分析表明,23个HSF蛋白共包含10个保守基序,基序长度为11~62个氨基酸,其中基序1、2和3代表DBD区。亚细胞定位分析表明,除Fe HSF13、Fe HSF14和Fe HSF18同时定位于细胞核和细胞质上,其余20个Fe HSF蛋白均定位于细胞核上。磷酸化位点分析表明,所有HSF蛋白均含有潜在的丝氨酸（Ser）和苏氨酸（Thr）磷酸化位点,部分HSF蛋白还含有酪氨酸（Tyr）磷酸化位点。系统发育分析表明,23个HSF基因可以分为A、B和C 3类,进一步细分为A1、A3、A4、A5、A6、A7、A9、B3、B4和C共10个亚类。

注：因版权方要求，不能公开全文，如需全文，请咨询杂志社