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海洋沉积物中硫酸盐还原菌和硫氧化菌群落分析方法的比较

作者:张玉; 米铁柱; 甄毓; 陈烨; 付璐璐; 王勋...硫酸盐还原菌硫氧化菌高通量测序克隆文库沉积物

摘要:硫酸盐还原菌(sulfate-reducing prokaryotes,SRP)和硫氧化菌(sulfur-oxidizing prokaryotes,SOP)在硫的生物地球化学循环中发挥着极为重要的作用.本文以SRP作为高丰富度高多样性菌群代表,针对于SRP所共有的异化型亚硫酸盐还原酶(dissimilatory sulphite reductase,DSR)中的β亚基基因(dsr B),通过克隆文库技术、454高通量测序技术和Illumina高通量测序技术对其群落特征进行比较分析.结果表明,Illumina高通量测序技术优于454高通量测序技术和克隆文库技术,特别在低丰度物种的检测方面,Illumina高通量测序技术具有明显优势.以SOP soxB基因(~750 bp)作为较长基因片段的代表,分别采用454高通量测序技术和Illumina单端高通量测序技术对SOP群落组成和多样性信息进行比较分析,结果表明,454高通量测序技术在读长上的优势并未体现出来,而Illumina单端高通量测序技术优于454高通量测序技术.

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环境科学

《环境科学》(月刊)创刊于1976年,由中国科学院主管,中国科学院生态环境研究中心主办,CN刊号为:11-1895/X,自创刊以来,颇受业界和广大读者的关注和好评。

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