作者：陈亘浓; 黄河清; 张博茹; 张科; 马新平; ...黑腹胃蝇转录组高通量测序微卫星
摘要：黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体。本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1.0版)对黑腹胃蝇转录组中1kb以上的Unigene进行SSR位点分析。在黑腹胃蝇转录组25847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12187个,存在于8037条Unigenes当中,出现频率为31.09%。微卫星的序列中单碱基(38.39%)和三碱基(33.45%)为优势重复类型。研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T(37.52%),其次是AC/GT(13.10%)。由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15bp (20.94%),12bp (14.48%)和18 bp (14.01%)。本研究是黑腹胃蝇开发EST-SSR的基础研究,为黑腹胃蝇的遗传多样性分析、变异水平分析和功能基因发掘奠定基础。
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