作者：武政梅; 高朋; 温俊宝沟眶象微卫星转录组重复类型重复基元
摘要：本研究基于高通量测序获得的沟眶象Eucryptorrhynchus chinensis（Olivier）转录组数据,采用MISA（Micro Satellite）软件对其简单序列重复（simple sequence repeat,SSR）位点进行了高通量发掘。对筛选得到的1 kb以上的Unigene（17590条,占Unigene总数的26.98%）进行了SSR分析,结果发现含SSR的序列有1665条,共发现1823个SSR,平均32.52 kb出现一个SSR。沟眶象微卫星主要以三碱基重复类型为主（637,34.94%）,其次为单碱基重复（576,31.60%）。共发现104种碱基重复基元,所占比例最高的为（A/T）n（30.39%）,其次为（AT/AT）n（6.91%）。沟眶象SSR的平均长度为15.74 bp,长度大于20 bp的SSR仅占总数的12.70%。研究还发现沟眶象微卫星出现的频率和其长度呈极显著负相关（P〈0.01）,相关系数为-0.572。研究结果为开发高多态性微卫星引物来进行沟眶象功能基因组学、种群遗传结构、种群遗传多样性等研究奠定了基础。
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