作者：郭伟鑫; 赵琦; 王秀琳; 梁江; 黄曜勇; 杨...结直肠腺瘤生物信息分析靶基因中药
摘要：目的利用生物信息分析方法预测探索三仁汤中主药成分苦杏仁、薏苡仁、半夏化学组分治疗人类结直肠腺瘤(colorectal adenoma,CRA)的效应靶基因。方法从公共基因芯片数据库GEO筛选符合纳入条件的人CRA腺瘤全基因组RNA芯片(样本为CRA患者和正常人的结直肠黏膜组织)利用GCBI在线实验室筛选出CRA与正常组织的差异基因数据集①;从BATMAN-TCM、TCMSP苦杏仁、薏苡仁、半夏中药成分数据库搜寻所含药物成分作用的效应基因数据集②,分别对上述两个数据集及两者的交集通过STRING进行GO富集分析、KEGG通路分析以及参与生物功能的蛋白相互作用网络分析(MCODE分析)。结果从符合研究纳入条件的4块CRA与常人黏膜组织的基因芯片数据集最终得到246个差异性基因,从TCMSP、BATMAN-TCM中药化合物数据库查到苦杏仁、薏苡仁、半夏的药物调节基因交集后得到115个,数据集①②交集得到MYC(Myc proto-oncogene protein)、HNF4A(Hepatocytenuclear factor 4-alpha)、GCG(Glucagon)共3个潜在效应靶基因,后续生信分析及文献回溯证实这3个基因与细胞生长、周期调节及有丝分裂密切联系,尤其结肠腺瘤、癌相关通路密切联系,预示三仁汤有可能通过调节CRA黏膜细胞分裂增殖达到治疗效果。结论利用生物信息学有助于中药成分针对CRA黏膜组织的治疗效应靶基因进行探索,为进一步的实验研究指明方向,提供理论依据。
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