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应用PCR-DGGE技术分析长江口低氧区的细菌群落组成

作者:刘敏 王子峰 朱开玲 李洪波 高绪敏 邓兵 ...细菌群落组成16srdna序列分析长江口低氧区

摘要:应用PCR结合变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术对长江口外低氧区的细菌群落组成和优势菌群进行了分析。对25条DGGE条带进行了克隆、测序,所得到的细菌16SrDNA基因V3区序列进行了系统进化分析。结果显示这25条条带分别归属于4个细菌类群:变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Finnicutes)和蓝细菌门(Cyanobacteria)。其中有16条分别与变形细菌亚群的γ-Proteobacteria和δ-Proteobacteria相似。时空分析发现,低氧水体的细菌群落组成与非低氧水体的组成不同,低氧水体包括变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroides)、厚壁菌门(Finnicutes)和蓝细菌门(Cyanobacteria),非低氧水体中没有发现蓝细菌门(Cyanobacteria)。并且8月份低氧水体中Flavobacteria为优势菌群。

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