作者：王斌; 李洁; 梁志超; 杨扬; 刘园; 林长缨shell脚本sanger测序手足口病肠道病毒
摘要：目的编写shell脚本,批量完成柯萨奇病毒等肠道病毒Sanger测序结果的数据处理和比对分析,并为后续工作准备数据文件。方法选择已完成手工分析的柯萨奇病毒等肠道病毒VP1基因测序文件,编写shell脚本模拟手工分析程序,顺序使用phred、phd2fasta和phrap等三个软件和单机版NCBI-BLAST软件可完成从碱基识别至序列比对的全部工作。比对结束后使用Linux命令筛选信息,生成样本和匹配的序列名称文件、基因型以及用于后续分析的序列文件。使用MEGA 6.0软件比较手工分析得到的序列与shell脚本计算得到的序列之间的相似性,评价shell脚本分析的可靠性。结果使用shell脚本可完成所有功能。Shell脚本计算和手工分析的比对结果完全符合。结论shell脚本分析缩短了测序结果分析中重复工作耗费的时间,使研究人员可更加专注于序列后续分析。
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