作者：潘显超 梅虎 谢江安 吕娟 王青 张亚兰 谭...抗原处理相关转运蛋白抗原肽氨基酸描述子vhse支持向量机活性选择特异性
摘要：应用氨基酸描述子VHSE（Principal component score vector of hydrophobic, steric, and electronic properties）对613个抗原9肽进行结构表征, 在此基础上, 采用支持向量机结合逐步回归变量筛选方法, 成功建立了抗原肽抗原处理相关转运蛋白（Transporter associated with antigen processing, TAP）亲和活性预测模型, 最优线性支持向量机模型的R2, Q2和R2ext分别为0.7386, 0.7270和0.6057. 模型结果分析表明, 影响TAP亲和活性的首要因素是电性, 其次是立体和疏水性质; 底物9肽的P1（N端）及P2, P7和P9（C端）位氨基酸物化性质对TAP亲和活性有重要影响, 而P3, P4, P5和P6位对模型贡献相对较小, P8位则与活性无关. 依据最优模型对模拟点突变9肽的TAP亲和活性的预测结果, 并结合变量载荷分析, 对TAP底物选择特异性进行了分析和总结.
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