作者：杨光; 孙兰英; 段亚东; 周双; 张鹃; 宋鹏...简化基因组测序遗传分析
摘要：为了比较不同树莓种间的亲缘关系远近,分析群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。本试验选用23份栽培种树莓利用简化基因组测序技术SLAF-seq测序,以黑树莓(Rubus occidentalis)基因组为参考基因组进行酶切预测,对照选择粳稻(Oryza sativa spp.japonica)品种日本晴的测序数据进行比对分析。本研究共获得59.93 Mb的读长数据,读长范围在1960847~5046748之间,对照数据的双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,测序质量值Q30平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,共获得425402个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121610个。获得749811个有效单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP),利用这些SNP对23份树莓材料完成系统进化树,群体的PCA分析,从群体结构分析结果发现这23份树莓都来源于同一祖先,只是在生长发育过程中发生了遗传分化。
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