作者：查英; 白琳; 谢小丽; 王凯; 元超; 于福来...转录因子生物信息学
摘要：AP2/EREBP是植物特有的一类具有庞大家族的转录因子。该转录因子广泛参与调节植物生理功能和水杨酸、茉莉酸、脱落酸和乙烯等信号转导途径。本研究利用艾纳香的全长转录组数据,通过生物信息学的手段对艾纳香AP2/EREBP家族进行挖掘并分析,为从分子水平研究艾纳香代谢调控提供参考依据。利用DNAMAN、MEGA5.05软件以及Protparam、SOPMA在线网站,对艾纳香AP2/EREBP转录因子家族的类型、结构域、系统进化、蛋白理化性质和氨基酸序列高级结构等进行分析。结果表明从艾纳香转录组中挖掘到57个AP2/EREBP基因,通过查找开放阅读框筛选出18条能翻译成完整蛋白的序列;根据结构域的划分可分为DREB、ERF和AP2三个亚族;通过与拟南芥AP2/EREBP相关基因进行系统进化分析,结果表明艾纳香DREB和ERF亚族成员分别属于B2、B4、B5、B6和A6簇;生物信息学表明艾纳香AP2/EREBP转录因子家族蛋白富含酸性氨基酸,热稳定性较高且均为亲水性蛋白,全部蛋白都以无规则卷曲为主;每个亚家族的蛋白质三级结构差异不明显,但不同亚族之间有差异,主要表现在β-转角、β-折叠及无规则卷曲长度不同。本研究结果为进一步研究艾纳香AP2/EREBP基因功能提供参考。
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