作者：陈祥平; 吕银; 刘玲; 柯皓天; 刘凯旋; 王...中国桑属snp标记系统发育
摘要：利用RAD-seq对中国桑属15个种进行了高通量测序，总共得到36．72Gbcleandata，总Tags数2788927（reads），平均每个种原始数据都在10M以上，Tags都在20万条以上，质量值Q30都在90％以上。用Stacks软件对15个种进行比对，获得68904个SNPs位点。用最大似然法建树，分支图首先将白桑、广东桑分出，接着是山桑、鲁桑、瑞穗桑，再次分出的是鸡桑、细齿桑、蒙桑和鬼桑，最后分出的是黑桑、川桑、华桑、滇桑、长穗桑、奶桑。分支图能将栽培种和野生种完全分开；可以将蒙桑和鬼桑、鸡桑、华桑、川桑、奶桑分开。认为白桑、广东桑属原始类型，长穗桑、奶桑属进化类型；山桑、鲁桑、瑞穗桑这三个种被分在一个分支，自检支持率99％，黑桑、川桑这两个种被分在一个分支，自检支持率56％，长穗桑、奶桑这两个种被分在一个分支，自检支持率100％，说明这些种之间有较近的亲缘关系，桑属RAD-seq测序能大规模筛查sNPs位点，系统发育分析的准确性就更加可靠。
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