转铁蛋白及其同源类似物cDNA序列比较分析

作者：龙华; 郑英cdna序列类似物比较分析密码子使用频率转铁蛋白cdna蛋白基因重点开放实验室genbank系统发育进化树密码子使用偏性序列数据库同源性比较生物技术种质资源淡水鱼类分析软件ncbi物种分化生理功能空间结构

摘要：应用NCBI数据库和计算机分析软件对农业部淡水鱼类种质资源与生物技术重点开放实验室克隆的鲫鱼(Carassius auratus)转铁蛋白的cDNA序列以及GenBank序列数据库中的27种转铁蛋白及其同源类似物cDNA序列的同源性进行了比较。结果表明：不同种属和来源的转铁蛋白cDNA的同源性均在30％以上；物种分化时间越早，其转铁蛋白基因的同源性越低，相反则越高；不同种属和不同来源转铁蛋白cDNA的进化并不同步．丙是由不同途径分别进化的。根据同源性比较结果绘制出它们的系统发育进化树。转铁蛋白基因的进化顺序推测是：微生物转铁蛋白类似物基因、昆虫转铁蛋白基因、黑素转铁蛋白基因、卵转铁蛋白基因、乳转铁蛋白基因、鸟类血清转铁蛋白基因、鱼类血清转铁蛋白基因、哺乳类血清转铁蛋白基因。对cDNA序列的密码子使用频率和密码子使用偏性进行分析，结果表明：密码子使用频率越高或使用偏性越小，说明该密码子编码的氨基酸对蛋白质空间结构的形成和基本生理功能的影响也越重要；在进化上分化时间越早的物种，密码子使用频率和使用偏性的差异较小，反之则较大；在同源性方面，在进化上比较接近的物种，基因的密码子使用频率和使用偏性指标比较接近或基本相同。

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