作者：唐海欧; 聂玺; 张洁; 张惠娟; 谢安心; 谭...乳腺癌sf1a主成分分析转录组
摘要：目的探讨SF1a-PRLR和ΔS2 SF1a-PRLR对人类乳腺癌细胞转录组的影响,分析两者在乳腺癌细胞中的基因表达差异。方法构建携带ΔS2 SF1a-PRLR与SF1a-PRLR的慢病毒载体,将稳转细胞总RNA分离纯化,然后进行RNA测序,整理数据并进行生物信息学统计和分析。将人乳腺癌MCF-7 细胞分为空白对照组(con组)(空载体)、过表达SF1a-PRLR 基因组(过表达SF1a-PRLR 基因)、过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组(过表达ΔS2SF1a-PRLR基因)。结果 G8-3(将ΔS2 SF1a简称为G8)、Con-1、1a-3(将SF1a简称为1a)与G8-1的相似度均偏低,G8-3 与1a-1 的相似度最高。主成分分析(PCA)结果显示,G8-1、Con-2 为离群样本,G8-3、G8-2、1a-3、1a-2、1a-1为相似性高的样本。高通量测序结果显示,过表达SF1a-PRLR 基因组、过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组和con 组的转录组表达情况存在差异。con 组和过表达SF1a-PRLR 基因组的差异基因进行京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析,发现涉及调节肿瘤生长和维持肿瘤细胞多能性的多条信号通路获得富集,如丝裂原激活蛋白激酶(MAPK)、肿瘤坏死因子(TNF)、转化生长因子-β(TGF-β)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/蛋白激酶B(PKB,又称AKT)、环腺苷一磷酸(cAMP)、Hedgehog、Hippo 信号通路。对con 组和过表达ΔS2 SF1a-PRLR 基因组的差异基因进行KEGG 通路富集分析,发现涉及调节肿瘤生长的多条信号通路获得富集,如MAPK、TNF、TGF-β、PI3K/AKT、ErbB、Hedgehog、Hippo 信号通路。通过可变剪切分析发现,3 组样本中主要发现了6 种不同的剪切模式。单核苷酸多态性(SNP)分析结果显示,过表达SF1a-PRLR 基因组的MCF-7 细胞中有42 885 个SNP 位点,过表达ΔS2 SF1a-PRLR基因组MCF-7 细胞中有37 305个SNP位点,con 组的MCF-7 细胞中有31 583个SNP位点。结论过表达SF1a-PRLR基因和过表达ΔS2 SF1a-PRLR基因能够影响MCF-7乳腺癌细胞的多种基因的表达,且可通过MAPK、TGF-β、PI3K/AKT、Hedgehog
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