作者:黎瑞源; 邢辉; 申铁四球茶转录组ssr
摘要:对基于高通量测序拼接获得的99741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simplesequencerepeats)位点分析,共揭示了23732个SSR位点,分布于18552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%:含有SSR住点的Unigenes的总长度为226188bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07kb,重复长度平均长度为9.53bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%:在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。
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