作者：蔡江瑜; 盛旦丹; 蒋佳; 陈世益骨关节炎差异表达基因生物信息学
摘要：目的:探讨前交叉韧带(anterior cruciate ligament,ACL)离断联合半月板切除诱发的骨关节炎(osteoarthritis,OA)的基因表达和生物过程的改变,为OA分子机制的进一步研究提供生物信息学依据。方法:从GEO数据库下载Appleton等构建的ACL离断联合半月板切除诱发的OA早期大鼠模型的基因芯片数据集,应用生物信息学方法筛选差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行基因本体论(Gene ontology,GO)和日本京都基因和基因组百科全书代谢通路数据库(Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes,KEGG)通路富集分析。结果:共筛选出170个DEGs,其中包括97个上调基因和73个下调基因。上调基因主要富集在细胞外基质,并与细胞外基质交互通路等信号通路关系密切。而下调基因主要富集在肌肉收缩的生物学功能中,并与PPAR通路等信号通路关系密切。结论:细胞外基质和肌肉收缩的改变对OA的发生发展起着关键作用。细胞外基质受体交互通路和PPAR信号通路与OA密切相关,值得进一步深入研究。
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