作者：孙永峰; 武惠岩; 王子遒; 路洪涛; 李书哲...鹅等级前卵泡转录组测序差异表达基因功能分类
摘要：为研究鹅等级前卵泡组织的转录组差异,丰富鹅卵泡转录组数据信息,实验选用3只经产处于高峰期的籽鹅等级前卵泡,通过Illumina Hi Seq 2500测序平台进行测序,并进行序列分析和注释。经测序质检后共得到224 929214条序列,31 722 729 162 bp碱基,且质量大于20的碱基比例高于95%,从头拼装后得到114 486条Unigenes序列和145 020条Transcripts序列,通过比对分析共有42 453条序列注释到NR数据库,并进行物种同源性比对,发现绿头鸭与其同源性最高,通过GO数据库比对,发现共有1 045条Unigenes注释到GO数据上,主要涉及生物过程、分子功能和细胞组分。结果表明,共有11 949条Unigenes比对到KEGG数据库,共涉及到341条通路,其中癌症通路、PI3K-AKT信号通路和MAPK信号通路显著富集。为验证基因表达差异,以FPKM值作为基因的表达量,FDR〈0.05,︱log FC︱≥1为标准筛选差异基因,其中以SY等级卵泡为参考,在PE等级卵泡组织间中得到15 516条差异基因,其中上调基因8 293条,下调基因7 223条。并对筛选得到的所有差异基因进行GO和KEGG比对。本实验条件下,测得各等级卵泡之间基因表达差异较大,且癌症通路、PI3K-AKT信号通路和MAPK信号通路较为活跃,可间接证明这3条通路对鹅等级卵泡发育影响较大,这对进一步分析鹅等级前卵泡发育机制提供基础。
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