作者：李会琴; 陈泽天; 郑辰; 闫红茹; 付琳琳; ...田鼠巴贝虫生物信息学分析蛋白特性抗原表位
摘要：目的分析田鼠巴贝虫3-磷酸甘油醛脱氢酶（BmGAPDH）的蛋白特性和抗原表位。方法运用ORFFinder、PROSITE、ProtParam、SignaIP、TMHMMServer、SOUSI、MotifScan、Bcepred、HNN等生物信息学软件分析预测BmGAPDH基因的开放阅读框和编码蛋白的特征结构域、理化性质、信号肽、跨膜结构域、稳定性、可溶性、翻译后修饰位点、亲水性、柔韧性、表面可及性、二级结构等特性；同时结合DNAStar和SWISS—MODEL软件分别预测蛋白的抗原表位和三维空间结构。结果BmGAPDH由1074个核苷酸编码的357个氨基酸组成，其特征结构域位于170—177位氨基酸残基。编码蛋白相对分子质量为3．833309×10^4，分子式为C1700H2723N457O514S17理论等电点为6．98，不存在信号肽，有1个跨膜区，23个翻译后修饰位点，6个亲水性参数得分≥1．9的区域，3个柔韧性参数得分≥2．0的区域，10个表面可及性参数得分≥1．9的区域，8个潜在的B细胞抗原表位，19个潜在的T细胞抗原表位，在溶液中性质稳定，且为疏水性蛋白。BmGAPDH蛋白和人类的GAPDH蛋白序列覆盖率为56％，相似性为70％。结论BmGAPDH含有多种抗原表位，且含量丰富，具有成为巴贝虫病疫苗候选抗原的潜在特性。
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