菊花EST-SSR标记的开发与应用

作者：张运兴 李卫国 申亚琳 杨伟鑫菊花遗传多样性

摘要：从NCBI（National Center for Biotechnology Information）数据库下载7 259条菊花相关表达序列标签（EST）序列,经去除冗余序列拼接后得到3 784条Uni-ESTs,总长度为2 088.6kb.用MISA软件查找其简单重复序列（SSR）位点,共获得407个SSR位点,分布于355条EST上,出现的频率为10.76%.在搜索到的EST-SSR中,三核苷酸重复类型占主导地位,所占比例为47.42%.共观察到76种重复基元,出现最多的重复基元是A/T和ACC/GGT,其次为ATC/ATG,AAC/GTT,AC/GT,AAT/ATT.根据搜索结果随机设计了24对菊花EST-SSR引物,对14个菊花品种进行PCR扩增,发现有12对引物有较清晰且稳定的扩增产物（其中10对引物的产物存在多态性）,共检出37个位点（其中多态性位点32个）,平均每对引物可扩增出3.2条多态性片段.遗传相似性分析显示,14个品种的遗传相似系数在0.61～0.84之间,平均相似系数为0.67.

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