作者：张岩 贾玉平 王云 王笑峰 罗兵寡核苷酸序列分析疱疹病毒4型人胃肿瘤基因表达癌基因
摘要：目的应用全基因组表达谱芯片技术，分析EB病毒（EBV）阳性胃癌细胞系与EBV阴性胃癌细胞系基因表达谱差异，筛选EBV相关胃癌（EBVaGC）相关基因。方法采用TRIz01一步法提取3种EBV阳性胃癌细胞系（GT38、PT、SNU-719）和3种EBV阴性胃癌细胞系（SGC7901、HGC-27、MKN-45）总RNA并纯化，逆转录合成cDNA，利用荧光染料（Cy3）标记aaUTP，转录合成标记的cRNA，与Agilent人类全基因组表达谱芯片杂交，扫描荧光信号图像，对芯片原始数据扣除本底和归一化处理，利用倍数差异和t检验计算筛选差异表达的基因，采用上海博豪生物在线分析系统进行基因的功能注释和关联分析，明确差异基因的生物学功能。将处理前后差异表达倍数〉2．0或d0．5，且在不同样本间的具有统计学差异的基因判断为差异表达基因。选取特定的差异表达基因，应用实时荧光PCR技术验证芯片结果的可靠性。结果聚类热图及矩阵图分析显示，EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间表达谱存在明显差异。EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系之间有322条基因的表达有明显差异，其中与肿瘤相关的基因涉及转录翻译、信号转导、黏附、细胞增殖和凋亡以及免疫应答等多种生物学过程。选取6条差异基因进行验证，结果有3条基因表达上调，3条基因表达下调，表达趋势与芯片结果一致。结论EBV阳性胃癌细胞系与阴性胃癌细胞系基因表达存在明显差异，提示EBV感染可影响胃癌细胞相关基因的表达，分析这些差异表达基因有助于阐明EBV感染在EBVaGC发生发展中的作用机制，为进一步筛选EBVaGC特异性肿瘤标记物以及进行生物治疗提供理论依据。
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