作者：张飞飞; 陈璇; 陈志永; 赖崇德; 徐敏; 何...黄鳝表达序列标签微卫星通用性
摘要：利用SSRrepeat软件对NCBI数据库中黄鳝肠道EST序列进行挖掘、验证,分析微卫星（SSR）在这些序列中的总体分布特点,并开发黄鳝EST-SSR引物。结果显示,在黄鳝肠道的814条EST序列中共搜索到51个SSR位点,分布在43条EST中,出现频率为6.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.80 bp。其中,三核苷酸重复为主导类型,占总SSR的49.02%,其次为二核苷酸重复,占29.41%。四、五、六碱基重复序列分别占微卫星总数的3.92%、11.76%、5.88%。多态性引物验证结果表明,在设计合成的21对EST-SSR引物中,12对在黄鳝中获得有效扩增。其中7对引物显示出多态性,共扩增出29个等位基因;每个位点等位基因数为2~7个（平均4.14）,观测杂合度（Ho）为0~0.857 1,期望杂合度（He）为0.135 1~0.822 7,多态信息含量（PIC）为0.123 8~0.781 1。在鲤形目和鲈形目中进行的跨物种扩增结果表明,12对引物中有7对引物在5个不同物种间得到成功扩增,5对引物在个别物种间表现出多态。研究获得的EST-SSR引物,可用于黄鳝的种资资源评价及遗传结构研究。
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